本案如何处理

敬请赐教：
本案应如何处理
2000年，甲单位（下称甲方）以200平方米划拨用地与乙建筑公司（下称乙方）签订联建协议修建甲方综合楼，协议约定（原文摘录）：乙方承担全部建设资金，综合楼修好后的一、二层产权归甲方，三层及以上产权归乙方，乙方为甲方无偿办理一、二层房产权证；建委、国土的各项建设手续及费税和由乙方办理和承担；建筑工期为5个月，工程质量优良，经有关部门验收合格后交付甲方使用。协议签订后，甲以自己名义办理了工程立项及施工手续，以甲方和乙方为共同受让人办理了320平方米（在原划拨地基础上新增面积120平方米）国有土地使用权出让，乙方缴纳土地出让金13万元。2001年底，综合楼修好后，一、二层建筑面积各为310平方米，但乙方每层只给了200平方米供甲方使用至今，且乙方一直未按协议约定为甲方办理综合楼一、二层的产权证。
争议：2006年，甲方主张乙方履行协议为其办理一、二层共620平方米的产权证，但乙方只承认办理乙方实际使用的一、二层共400平方米的产权证，理由是，乙方从2001年底，至今一直只占有使用了一、二层400平方面积，一、二层余下的220平方面积乙方未主张过权利，视为默认，且已过诉讼时效。并要求乙方承担部分土地出让金，理由是土地出让金属于协议约定由其承担的费税。
上诉案例该如何处理，敬望各位不吝赐教，谢谢