甲诉乙公司,一审后乙公司不服,提起上诉,然而乙公司在二审开庭时迟到,二审法院裁定按撤诉处理,现乙公司想申诉,请问:申诉应该是撤销一审判决、还是二审裁定，还是两个都撤销？

当然是针对二审的裁定进行申诉。
民诉法第一百二十九条　原告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以按撤诉处理；被告反诉的，可以缺席判决。